公元1368年明太祖朱元璋派遣徐达、常遇春等人率军北伐攻克元大都（今北京），元顺帝逃回漠北草原。脆弱的游牧经济不足以支撑忽必烈仿照中原汉制建立的大一统帝国，蒙古贵族对成吉思汗直系后裔黄金家族的离心倾向开始日渐增长。公元1388年四月明将蓝玉在捕鱼儿海（今贝尔湖）之战中俘获蒙古嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头以及大量印章、图书、兵器、车辆。

捕鱼儿海之战的失败使黄金家族在蒙古贵族们面前彻底颜面尽失，很快蒙古各部逐渐宣布脱离黄金家族的大元政权而独立，蒙古草原重新回到了成吉思汗统一之前的诸部割据状态。在蒙古各部的割据混战过程中各部落形成了错综复杂的联盟体系。这些部落联盟经过分化组合逐渐形成了鞑靼和瓦剌两股主要势力：鞑靼由成吉思汗的黄金家族统治，而自称厄鲁特的瓦剌在鞑靼人眼中是没被当成蒙古人的。

游牧民族和定居民族有一点显著的不同：没固定的生活地域，各部族之间的互相融合是相当频繁的事。其实历史上的匈奴、突厥等族系很可能并非单一民族，而是由草原游牧民族组成的民族共同体。我们今天所说的蒙古族是由成吉思汗的蒙古部统一草原诸部而形成的民族。在成吉思汗统一草原之前蔑儿乞、乃蛮、克烈、汪古等部显然不会认同自己是蒙古人，只是在成吉思汗统一草原后才形成了蒙古族这一民族共同体。

明朝人所谓的蒙古人是同时涵盖鞑靼人和瓦剌人的，然而鞑靼却以蒙古正统自居而将瓦剌视为异族。起源于叶尼塞河上游地区的瓦剌在成吉思汗时代被称为“林木中人”。由此可见瓦剌并非成吉思汗黄金家族的嫡系后裔。瓦剌作为被蒙古征服后所同化的部族尽管也被冠以蒙古之名，不过瓦剌在以蒙古正统自居的东部蒙古人眼中依然是“非我族类其心必异”。

从明太祖朱元璋至明成祖朱棣曾数次兴兵驱赶蒙古人远离自己的边境线。明初在出塞打击蒙古势力时为实现分化瓦解的目标就对瓦剌和鞑靼进行分别对待：继承了成吉思汗黄金家族正统的鞑靼仍延续着“元”这一国号。这在明朝看来就意味着并没放弃重返中原的意图。相比之下瓦剌只是草原上一个从无显赫历史的籍籍无名的部族，和明朝也没北元政权那么大的积怨。

因此在相当一段时期内瓦剌属于明朝争取拉拢的对象。这一时期瓦剌也有意识将自己与黄金家族进行区分：这样做一方面是彰显自身的独立性，另一方面也是向明朝方面示好（当然名义上瓦剌还是北元的藩属）。当明朝侧重于对鞑靼用兵时瓦剌则趁机悄然壮大。瓦剌在实力壮大起来之后就开始进犯明朝的边境。明英宗朱祁镇在太监王振的怂恿下于正统十四年（公元1449年）效仿先祖御驾亲征瓦剌。

然而朱祁镇本人却在土木堡之变中成为了瓦剌人的俘虏。土木堡之变后瓦剌本想以英宗朱祁镇作为人质敲诈明朝，然而以于谦为代表的明朝大臣们拥立了明代宗朱祁钰。在随后的北京保卫战中遭到重创的瓦剌人不得不撤兵。瓦剌部首领也先死后他的子孙后代与黄金家族的后裔们展开了长达20余年的战争。在这一过程中也先的两个儿子瓜分了也先的部众。

后来成吉思汗异母弟别勒古台的后裔毛里孩拥立马儿古儿吉思为蒙古大汗，将瓦刺势力驱逐到天山一带的西部地区。到了明末清初的史籍中一般将瓦剌称为卫拉特。这时蒙古各部族按所生活的地域范围可以大致分为三部分：生活在如今我国内蒙古自治区的蒙古部族称为漠南蒙古，生活在新疆天山以北地区的蒙古族称为漠西卫拉特蒙古，而生活在如今蒙古国境内的蒙古族则称为漠北喀尔喀蒙古。

漠南蒙古、漠西卫拉特蒙古、漠北喀尔喀蒙古都不是单一的部落，而是各自由若干个部落组成的部落联盟。卫拉特蒙古主要是由杜尔伯特部、准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部四大部落以及辉特等小部落共同构成。卫拉特各部所活动的地区北至额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游地区；南至天山；东到阿尔泰山和蒙古杭爱山分界线；西包巴尔喀什湖地区。

长期以来和硕特部始终作为卫拉特联盟的盟主存在，然而进入17世纪以后准噶尔部在首领哈喇忽剌的领导下开始日渐强盛起来。1623年和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特卫拉特四部一起进攻蒙古右翼土默特部阿拉坦汗王朝，此战之后哈喇忽剌统治了阿巴坎河至叶尼塞河流域的吉尔吉斯人。1628年土尔扈特部在准噶尔部的压力下被迫与杜尔伯特部、和硕特部的一部西迁到伏尔加河下游地区。

1629年哈喇忽剌联合作为卫拉特盟主的和硕特首领固始汗再次进攻阿拉坦汗王朝。此战之后卫拉特人已完全控制了天山草原。1634年哈喇忽剌传位于长子巴图尔珲台吉。巴图尔珲台吉继位时东面的漠南蒙古诸部和南方的大明王朝在对立了两百多年后遭到了新兴的后金王朝的打击。1632年漠南蒙古盟主察哈尔部的林丹汗被后金皇太极击败，1636年漠南蒙古十六个部族的四十九个王公拥戴皇太极为可汗。

同年皇太极仿行汉制称帝，改后金国号为清、改女真族名为满洲。尽管这时皇太极的主攻方向是南面的大明王朝，可巴图尔珲台吉仍能感受到皇太极志在混一天下的咄咄逼人之势。正当东面的清王朝磨刀霍霍之际在准噶尔部的西面也崛起了一个大敌——由莫斯科大公国演变而来的沙皇俄国自1480年脱离蒙古金帐汗国的统治后就走上了持续不断的扩张道路。

当巴图尔珲台吉继位时沙俄的扩张触角已延伸到西伯利亚和中亚地区，开始和卫拉特蒙古、喀尔喀蒙古地区接壤。1586年俄国人在向西伯利亚扩张的过程中建立秋明要塞，1587又建立了托博尔斯克城，1594年修筑了塔拉城。这时的准噶尔还只是卫拉特四部联盟的成员之一：这时的准噶尔并不是卫拉特四部的盟主，而是臣服于和硕特部的拜巴噶斯汗。1596年俄罗斯从塔拉城派人侦查蒙古各部的聚居地。

1600年~1606年刚兴起的准噶尔大败阿勒坦汗、哈萨克和吉尔吉斯。吉尔吉斯在俄罗斯和阿勒坦汗的吞并压力下加入了准噶尔集团。由于这时准噶尔的主要精力用在对付东边的阿勒坦汗，所以这一时期准噶尔和沙俄之间的冲突规模还相对较小。1604年俄国人在修建了托木斯克堡后继续向南推进，在这一过程中俄国人遇到了声称是向卫拉特准噶尔部进贡的“贡民”。

1606年9月卫拉特准噶尔部派人通知俄国方面：俄方收容了准噶尔的“贡民”，要求俄方放人。俄方对此予以拒绝，由此引发了双方的冲突。1607年200人的俄国部队遭遇了5000准噶尔人的伏击。1607年俄国遣使卫拉特各部宣称卫拉特臣属于俄罗斯。这时的准噶尔正遭受东蒙古阿勒坦汗和西部的哈萨克汗国的东西夹击，在这样的局势下不得不向塔拉城派出使者先行稳住沙俄。

1608年准噶尔在东西两个战略方向上均获得大胜：东部的阿勒坦汗被驱逐到很远的地方，西部哈萨克的进攻部队也被歼灭。此后原本向阿勒坦汗称臣进贡的部落倒向了准噶尔，然而这时的沙俄也要求这些部落向自己进贡。1610年准噶尔袭击了俄国的殖民据点塔拉城，以此为标志揭开了准噶尔和俄罗斯近200年战争历史的序幕。1611年准噶尔控制了塔拉城的一口赖以生存的盐水井后禁止哥萨克通过。

1612~1613年俄罗斯和准噶尔交战。此战中双方互有俘获。1614年的大雪灾导致准噶尔牲畜死伤无数。这时东边的阿勒坦汗再度回来要求准噶尔进贡，最终双方缔结了和平条约。1616年俄罗斯派出的使者得知达来台吉是最大的台吉、准噶尔可出动10000士兵。这一期间准噶尔和俄罗斯双方互有攻掠：准噶尔俘虏不少哥萨克。1619年包括准噶尔在内的卫拉特各部向北一直迁徙到距离沙俄的秋明、乌法等要塞据点很近的地方。

次年已归附准噶尔的吉尔吉斯人袭击了沙俄城镇。俄方随即同准噶尔方面进行谈判，到1623年双方的关系缓和下来。然而十年之后中亚的希瓦汗国的使臣向沙俄传话表示：希望和沙俄联手对占据商道的准噶尔采取联合军事行动。这一时期沙俄的主要扩张方向是远东太平洋沿岸和黑龙江流域，而准噶尔主要扩张方向则是东部的青海地区。最终双方互派使者、交换战俘并开放了边境贸易。

巴图尔珲台吉面对东西方同时崛起的大敌一方面进行内政改革，一方面主动出击东征西战。巴图尔珲台吉制订了《蒙古卫拉特法典》；授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔的统一文字；与喀尔喀札萨克图汗共同召开卫拉特、喀尔喀各部领主会议，由此形成了更为广泛的联盟；在两次击退越境俄军后开放了和俄罗斯的贸易；向西击败了哈萨克汗国。

1653年巴图尔珲台吉在去世前夕确立第五子僧格为继承人。本来根据巴图尔珲台吉这一安排而言：他的第6子噶尔丹应该是无缘准噶尔部首领之位了。事实上噶尔丹在10岁时就已前往西藏学佛，不过他并没安心当一名僧侣——在西藏学佛期间噶尔丹不时返回准噶尔参与政治事务。据俄国档案记载：1668年4月6日噶尔丹接见了正在准噶尔访问的俄国使者，甚至向俄国使者表达了和身为准噶尔首领的僧格和不同的意见。

事实上僧格并不是一个强有力的统治者：不仅噶尔丹保持着相当的权力，其他兄弟也都不服僧格，他们甚至公然起兵反叛僧格。17世纪60年代费尽九牛二虎之力的僧格才勉强平定了叛乱，但在1671年他就被自己的两个哥哥车臣和卓特巴巴图尔暗杀。这时僧格的三个儿子都还年幼，根本斗不过僧格那群如狼似虎又年富力强的兄弟们。眼看准噶尔又将爆发一场内战。

这时噶尔丹在征得老师五世达赖喇嘛同意后在卫拉特盟主和硕特部首领鄂齐尔图车臣汗的援助下擒杀车臣、将卓特巴巴图尔赶往青海。噶尔丹随即还俗就任准噶尔部首领，西藏的五世达赖喇嘛不仅同意了他的还俗之请，还特意赐加"博硕克图"之号，使其在普遍信奉藏传佛教的蒙藏诸部中具有相当的号召力。1676年噶尔丹俘获其叔父楚琥尔乌巴什，至此在准噶尔部内部再无人能与噶尔丹争锋。

次年正月二十日噶尔丹击败身为卫拉特盟主的和硕特部，昔日松散的卫拉特联盟被噶尔丹变成了事实上的准噶尔汗国。康熙十八年（1679年）七月噶尔丹领兵3万迫使吐鲁番、哈密臣服，准噶尔势力已伸展至甘州（今甘肃张掖）一带。此时由成吉思汗后裔建立的蒙古察合台汗国在新疆的统治已日渐衰败，维吾尔族的和卓势力日益强大并分为白山派和黑山派。

黑山派在察合台后王伊思玛业勒支持下把白山派首领和卓伊达雅图勒拉驱逐出喀什噶尔，和卓伊达雅图勒拉被迫在中亚一带浪迹近10年。此后伊达雅图勒拉从克什米尔辗转进入西藏找到五世达赖喇嘛，在五世达赖喇嘛的引荐下他前去投奔噶尔丹。康熙十九年（1680年）噶尔丹派出12万准噶尔骑兵经阿克苏、乌什等地向喀什噶尔、叶尔羌进军，准噶尔铁骑在当地白山派教徒的响应下横扫南疆。

准噶尔人将察合台后王伊思玛业勒及其家属囚禁于伊犁，扶植和卓伊达雅图勒拉为王，称阿帕克和卓（意为世界之王）。此后准噶尔贵族统治南疆达80余年之久。1682年至1683年噶尔丹率兵进攻哈萨克的头克汗，次年噶尔丹攻占塔什干、撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐等城市，迫使哈萨克汗国臣服。1683年他又迫使乌兹别克汗国称臣进贡，噶尔丹由此称雄西域。

这一时期噶尔丹还频频展开对沙俄的外交活动，试图借助沙俄的力量同清王朝分庭抗礼。这时的北亚已形成了大清帝国、准噶尔汗国和沙皇俄国三足鼎立互动的局面。康熙二十六年（1687年）底沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，策动噶尔丹进攻喀尔喀蒙古。1688年噶尔丹进攻喀尔喀蒙古土谢图汗部，继而进军内蒙古乌兰布通威逼北京。

这一时期准噶尔汗国的疆域囊括了今天的新疆、中亚、外蒙以及内蒙的一部分。准噶尔汗国在扩张过程中并不是只有清朝这一个对手——准噶尔汗国一直在同时向东西南北各个方向扩张。尽管准噶尔汗国并没整体西迁，但向西方的扩张从未间断：准噶尔与哈萨克之间长达近200年的战争甚至在时间跨度上更是超过了与清朝的战争。不过准噶尔在扩张过程中最大的竞争对手的确是清朝。

准噶尔汗国的战略目标和清朝的战略目标有着根本性的冲突。准噶尔汗国的短期战略目标是在西域崛起的同时吞并漠北喀尔喀三部和漠南蒙古诸部，从而使所有蒙古部落成为统一的政治实体；准噶尔汗国的长期战略目标则是待时机成熟以后恢复大元帝国的荣耀。事实上恢复大元帝国的荣耀这种长远目标早在明代的瓦剌部首领也先身上就已反映出来了。

土木堡之变后也先就曾试图南下灭明，从而恢复昔日大元帝国对中原地区的统治。瓦剌部作为被蒙古人征服同化的部族长期以来被以正统黄金家族嫡系自居的东部蒙古人所歧视：东部蒙古人看待瓦剌人就如同春秋战国时代中原诸侯视秦、楚为蛮夷的心态。备受歧视孤立的瓦剌部在潜意识中始终有一种为自己正名的念头，而恢复大元帝国的荣耀就被瓦剌部视为是自己正名的最佳手段。

瓦剌部在血缘上不是成吉思汗黄金家族的嫡系。这点是永远也无法更改的事实，然而如果瓦剌部能率领蒙古人恢复昔日成吉思汗帝国的荣耀呢？这样瓦剌部就能摆脱被歧视孤立的状态，从而名正言顺号令所有蒙古部落。因此在血缘上不是成吉思汗直系后裔的瓦剌部甚至比以黄金家族正统自居的东部蒙古人更怀念昔日成吉思汗帝国的荣耀。包括准噶尔部在内的卫拉特诸部其实就是明代瓦剌部的后裔。

准噶尔部继承延续了瓦剌部这种恢复大元帝国荣光的理念，然而这种理念是与清王朝的既得利益截然对立的。清军入关以后中原汉地已然是清王朝的领土，可准噶尔部还惦记着北京城曾是元大都。很显然准噶尔部要实现自己的诉求势必会侵犯到清王朝的既得利益。退一步将即使准噶尔部放弃恢复大元帝国的远期目标，然而仅仅只是统一蒙古诸部这个短期目标也是清王朝所不能接受的。

自从努尔哈赤建立后金政权以来就利用蒙古内部的分裂格局与科尔沁等部会盟、联姻。1593年蒙古科尔沁部明安和喀尔喀部劳萨与努尔哈赤遣使通好，“自是蒙古诸贝勒通使不绝”。1619年明朝大军在萨尔浒之战中惨败于后金的现实使明朝和蒙古这对宿敌看到了新兴的后金的力量，于是作为当时的漠南蒙古诸部名义上的宗主的察哈尔部林丹汗随即邀约了喀尔喀五部配合明朝协防铁岭。

然而由蒙古和明朝组成的联军在女真人的打击下土崩瓦解：就连蒙古军队的主将齐赛诺延都成为了女真人的俘虏。天命九年（1624年）科尔沁部成为蒙古诸部中率先臣属于后金者。次年林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年）后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。这一时期后金对蒙古诸部采取政治安抚与军事打击相结合的策略。

后金与归附自己的蒙古部落进行会盟、联姻，而集中主要精力打击身为漠南蒙古各部盟主的察哈尔部。后金实际上与漠南蒙古各部形成了共同打击察哈尔部和明朝的盟友关系。1644年清王朝入关问鼎北京后建立起涵盖满、蒙、汉多民族大一统帝国。这时漠南蒙古各部实际上已处于清王朝治下。清军甚至还组建了蒙古八旗，从而借助蒙古各部的力量制衡中原汉人。

联蒙制汉是清王朝维持自身统治的一种手段：整个有清一代与蒙古部落的联姻、会盟就从未中断过，与此同时清王朝也始终小心翼翼避免蒙古各部重新成为统一的政治实体。分而治之始终是有清一代治理蒙古部落的基本政策。准噶尔汗国咄咄逼人的态势摆明了是要一统蒙古诸部，清朝又怎么能允许这样的事发生呢？事实上准噶尔汗国还不只是具有统一蒙古的野心。

被噶尔丹打败的和硕特部进入青海建立了和硕特汗国。青海和西藏都位于青藏高原上，在历史上同属吐蕃王国。吐蕃王国覆灭后藏传佛教在青藏高原上建立了政教合一的政权，后来藏传佛教政权先后归附于元、明两朝。和硕特部在青海建立和硕特汗国后和西藏的达赖政权合作共同统治青藏高原。噶尔丹在追击和硕特部的过程中也把自己的势力扩张到青藏高原。

就在噶尔丹向青藏高原扩张之时西藏达赖政权与青海和硕特汗国政权却闹翻了。事情的起因是五世达赖时期他的管家桑结嘉措利用自己和达赖的特殊关系掌握了藏传佛教的教权，鉴于当时这一地区政教合一的客观现实要想统治青藏高原必须同时具备教权和兵权。然而桑结嘉措的弄权行为使得青藏高原的教权和兵权出现了分离：教权掌握在桑结嘉措手中，而兵权掌握在青海和硕特汗国的拉藏汗手中。

五世达赖死后桑结嘉措颇为担心拉藏汗乘机剥夺自己的管理权。桑结嘉措在没知会拉藏汗的情况下自作主张立了六世达赖。拉藏汗自然不承认这位未经自己认可的达赖，桑结嘉措深知自己手中没有兵权，真打起来绝不是拉藏汗的对手。所以桑结嘉措就利用自己掌握藏传佛教教权的号召力向噶尔丹发出求援结盟的意向。噶尔丹早年在西藏学佛期间深受桑结嘉措优待。

在相同的政治利益和昔日的个人感情驱使下噶尔丹率部大举进入青藏高原。如果任由噶尔丹吞并青藏高原，那么大清的西部疆界将完全暴露在准噶尔汗国的威胁之下，考虑到青藏高原的地缘优势将使准噶尔汗国在面临清军时具有居高临下的巨大优势。康熙皇帝面对噶尔丹的巨大威胁决定御驾亲征：1690年清军在乌兰布通和噶尔丹的军队对峙——准噶尔军队“以万驼缚足卧地”组成“驼城”，“士卒于垛隙发射矢铳”。

清军方面则“以火器为前列，遥攻中垒，声震天地”。噶尔丹被迫主动转移撤离，八月初四清军将领福全在追击过程中误中噶尔丹缓兵之计，噶尔丹率千余兵力逃出后以科布多（今蒙古吉尔格朗图）为基地恢复生机。1696年二月康熙再次御驾亲征，到了这年五月清军将领费扬古在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹，歼灭其主力，噶尔丹仅率数十骑逃遁。

正当噶尔丹被清军一再重创之时他的侄子策妄阿拉布坦起兵反叛。策妄阿拉布坦成功控制了北到额尔齐斯河上游、东到乌布苏湖的整个地区，从背后形成了对噶尔丹根据地科布多的包围。此时的噶尔丹已陷于两大强敌的夹击之中。噶尔丹在这种形势下试图集中兵力先打败清军，再回师收拾策妄阿拉布坦：1695年噶尔丹再度进兵喀尔喀。这时喀尔喀各部已归附清朝，于是康熙再次御驾亲征。

这时的噶尔丹已只有3万人马，最终不敌康熙的20万大军。策妄阿拉布坦趁机夺取了噶尔丹控制下的哈密，从而彻底切断了噶尔丹的归路。在经历一年的逃亡生涯后噶尔丹于1697年3月13日在阿尔泰的阿察阿穆塔台服毒自杀。次年9月策妄阿拉布坦遣使清朝，将噶尔丹的尸体献给清朝以示臣服。噶尔丹的死亡并不意味着准噶尔部的平定——准噶尔部新首领策妄阿拉布坦向清朝表示臣服更多只是一种权宜之计。

策妄阿拉布坦的才干丝毫不亚于噶尔丹：噶尔丹曾一度想杀死他，然而他却率领忠于自己的部下逃走了。噶尔丹东侵后策妄阿拉布坦趁机与清王朝联手对付噶尔丹。噶尔丹败亡之后策妄阿拉布坦就成为了准噶尔汗国新的统治者。策妄阿拉布坦通过巧妙利用噶尔丹与清王朝之间的矛盾得以顺利上位，等他坐上大位之后展现出了惊人的内政、外交、军事才干。

策妄阿拉布坦一方面大力发展农业，一方面利用外籍俘虏和工匠发展手工业。这些外籍俘虏和工匠带来了中原、中亚、欧洲等地先进的生产技术，从而使准噶尔汗国的经济得以迅速发展起来。策妄阿拉布坦任命在与俄罗斯作战时俘虏的瑞典军官雷纳特为其制造火炮、训练炮兵。雷纳特为他制造了15门发射4磅重炮弹的重炮、5门小型炮和20门发射10磅重炮的迫击炮，与此同时还组织起了一支200人的炮兵部队。

准噶尔汗国由此得以掌握了当时欧洲最先进的火炮技术。准噶尔既有游牧民族的剽悍又掌握着先进的火器技术，所以在军力上其实并不比清王朝差。策妄阿拉布坦仍延续着噶尔丹时代的对外扩张政策：1699年策妄阿拉布坦派遣自己的弟弟弟策凌敦多布西征，迫使哈萨克向准噶尔臣服。在康熙五十四年、五十八年他两次击败入侵的沙俄军队。随着实力的提升策妄阿拉布坦不愿再臣服于清朝。

在康熙五十四年(1715年)他派兵袭击哈密北境五寨。两年后他又派遣台吉大策凌敦多布率6000军从伊犁河谷出发，然后经过和田攻占拉萨、杀拉藏汗，从而在卫藏建立统治。1716年策妄阿拉布坦派兵将俄罗斯人从叶尼塞河上游驱逐。1718年由川入藏的清军被准噶尔击败。1720年清军再次出兵入藏，这次清军成功驱逐了准噶尔军队，至此清王朝在西藏建立起自己的统治。

随后清军向位于准噶尔本土的乌鲁木齐乘胜进击，但旋即因康熙皇帝驾崩而撤回。1723年策妄阿拉布坦又支持和硕特部右翼首领罗卜藏丹津在青海发动叛乱。清军在年羹尧、岳钟琪率领下平定了青海罗卜藏丹津叛乱，但在乘胜攻打准噶尔本土时却损兵折将。由于双方军力势均力敌，所以几场仗打下来都是互有胜负。漫长的拉锯战令双方都吃不消。1725年雍正皇帝同策妄阿拉布坦议和：双方划分了边界并商定互相贸易。

1727年策妄阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零继位。雍正趁机发军进攻准噶尔，结果却遭遇大败，最终清军不得不退出科布多。1731年噶尔丹策零以诱敌深入之计在和通泊大败清军：清军1万精锐部队仅剩2000人生还，14名高级将领全部战死沙场。一年后清军在额尔德尼昭之战中报了一箭之仇：此战中准噶尔军驼马物资损失殆尽。自康熙五十六年以来清军在与准噶尔的战争中已先后花费军饷七千余万两白银。

在和通泊之战等战事中由于清军将领的失误使喀尔喀蒙古等部都蒙受了不小的损失。清王朝之所以要持续打压准噶尔有一个很重要的原因就是为了阻止准噶尔统一蒙古各部，然而和通泊之战后已归附清朝的喀尔喀等蒙古部落渐渐萌生了对清廷的不满情绪。搞不好准噶尔没拿下来，已归附的蒙古部落也有可能叛离。1735年雍正再次和准噶尔帝国签订和约：规定两国以漠北杭爱山为界——以东属清，以西属准噶尔。

策妄阿拉布坦与噶尔丹策零统治时期（1698年~1745年）是准噶尔汗国的鼎盛阶段。这一时期准噶尔汗国管辖着包括今新疆、青海、蒙古高原西部、西伯利亚南部以及中亚地区的哈萨克以及乌兹别克等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败清军、俄军。这时的准噶尔汗国与清帝国、沙皇俄国、法国、西班牙、荷兰、奥斯曼帝国、波斯、莫卧儿帝国等国共同跻身当时全球最强的十大帝国行列。

如果单纯看准噶尔汗国的军力是丝毫不亚于清王朝的，然而双方在整体综合国力上却相距甚远。准噶尔汗国尽管统治地域辽阔，然而境内大部分地区都是高原沙漠，所以在人口总数和经济潜力上远远不及清朝。在战场上准噶尔与清王朝一直都是互有胜负：双方都在战争中付出了大量人力物力财力损失，然而清王朝的恢复能力却明显要强于准噶尔汗国。

很显然这种旷日持久的拉锯战拖得越久对准噶尔越不利。1745年噶尔丹策零死后准噶尔汗国爆发内战，此后准噶尔国势急转直下：一时间原本已臣服于准噶尔的哈萨克举兵反抗，东部的清军虎视眈眈，沙俄也在这一时期加紧向准噶尔的土地渗透。国力衰颓的准噶尔不得不在各方势力之间夹缝求生。乾隆十九年（1754年）准噶尔汗国再次发生内乱，乾隆皇帝打算趁机对其用兵。

雍正年间的惨败使满朝文武对西征准噶尔一事多持否定态度。就在清廷上下议论纷纷之际时任户部尚书兼军机处大臣的富察·傅恒挺身而出力排众议并自请办理此役，早就下定决心开打的乾隆立刻开始准备同准噶尔汗国的战争。乾隆二十年（1755年）清军攻克伊犁并成功俘获准噶尔大汗绰罗斯·达瓦齐，至此同清朝康、雍、乾三代持续对立的准噶尔汗国终于被平定。

此后策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳一度举兵叛乱，但于1757年被清军平定。至此准噶尔汗国彻底灭亡。准噶尔部在消灭南疆的叶尔羌汗国后曾将南疆的伊斯兰宗教领袖大、小和卓扣押，清军平定准噶尔后将其释放并派波罗尼都招抚天山南路各城。阿睦尔撒纳率准噶尔残部叛乱时大小和卓乘机控制了喀什噶尔、叶尔羌（今新疆莎车）等地。乾隆二十二年（1757年）大和卓霍集占杀死清军副都统阿敏道后举兵自立。

次年（1758年）乾隆皇帝发兵征讨大小和卓，在库车、叶尔羌、和阗等地与大小和卓交战。乾隆二十四年（1759年）大小和卓兵败西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部），被巴达克山首领素勒坦沙擒杀。至此天山南北的西域地区再次被中原正统王朝纳入版图，乾隆因此地为清朝新得疆土故命名为新疆。此时清朝的疆域达到了超过1300万平方公里的历史最大值。

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